El castillo cumplió un importante papel político y militar hasta el s. XVI. Aparece citado en el Fuero de Nájera y tendrá un gran protagonismo durante el enfrentamiento de Enrique II de Trastámara y Pedro I el Cruel. Durante el levantamiento comunero sirvió de refugio al …gobernador de la plaza, que resistió el asalto de los rebeldes hasta la llegada de las tropas reales que liberaron la ciudad. En él se alojaron Carlos V y Felipe II en varias de sus visitas a Nájera, en las que fueron ricamente agasajados por la nobleza local, según la fuentes de la época. A mediados del s. XVII el castillo se encuentra abandonado y en ruinas.